生物信息学－微生物学

生物信息学－微生物学生物信息学在微生物学生物信息学在微生物学研究中的应用研究中的应用曹志伟上海生物信息技术研究中心http://www.scbit.org提纲提纲1.生物信息学简介�生物信息学数据库�序列比对�多序列比对�PatternsandMotifs�蛋白质结构模拟2.应用分析�微生物基因组注释�比较基因组学在致病微生物研究中的应用�生物信息学简介Bioinformaticsis“thein-silicostudyoftheinformationcontentandinformationflowinbiologicalsystemsandprocesses”.Annotate->store->search/retrieve->analyze->visualize•Nucleicacidsequence(genesandRNAs),proteinsequence，processing,interactionandstructuralinformation...MainTopicsCoveredinBioinformatics�Bioinformaticsdatabasedevelopment�Sequenceanalysis&Sequencecomparison�Pair-wise�MultiplesequenceAlignment(MSA)�PatternsandMotifs�StructureModeling�SimulationDNARNAProtein�protein-proteininteraction�pathway�…..1:WhyDatabase?Ourneed:�Sharelargevolumesofbiologicaldata�Accessandupdatedataeasily�Supportlarge-scaledataanalysis�LinkknowledgeobtainedfromvariousfieldsofbiologyandmedicineAdatabaseneedstohaveatminimumaspecifictoolforsearchinAdatabaseneedstohaveatminimumaspecifictoolforsearchingganddataextraction:anddataextraction:Web