菌种形态

J.LakeSci.(湖泊科学),2009,21(1):27-35http://www.jlakes.org.E-mail:jlakes@niglas.ac.cn©2009byJournalofLakeSciences太湖沉积物中的可培养细菌:Ⅰ.细菌多样性初步分析*周丽华1,陈士超3,邓志瑞2,陈沁2,郑乐平1,刘志学3**(1:上海大学环境与化学工程学院,上海200444)(2:上海大学生命科学学院,上海200444)(3:同济大学生命科学与技术学院,上海200092)摘要:采用牛肉膏培养基培养,从不同深度的太湖沉积物中共分离得到603个菌落形态不同的菌株,通过数值分析比较了40个形态表征性状,以不加权平均连锁聚类(UPGMA)的方式进行簇群归类,在0.75水平上可分成4个聚类群和51个亚群.从51个亚群中各随机选取一个菌株,测定其16SrDNA部分序列(约540bp)并据此进行分析,表明这些菌株分别属于Firmicutes、Actinobacteria、γ-Proteobacteria这三大类群,与数据库中已知的芽孢杆菌属(Bacillus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、微球菌属(Micrococcus)、节杆菌属(Arthrobacter)、迪茨菌属(Dietzia)和假单胞菌属(Pseudomonas)细菌具有很高的相似性.其中迪茨菌属在国内淡水湖泊沉积物中为首次报道.关键词:太湖;沉积物;可培养细菌;数值分类;多样性CulturablebacteriainthesedimentofLakeTaihu(I):primaryanalysisofbacterialdiversityZHOULihua1,CHENShichao3,DENGZhirui2,CHENQin2,ZHENGLeping1&LIUZhixue3(1:SchoolofEnvironmentalandChemicalEngineering,ShanghaiUniversity,Shanghai200444,P.R.China)(2:SchoolofLifeScience,ShanghaiUniversity,Shanghai200444,P.R.China)(3:SchoolofLifeScienceandTechnology,TongjiUniversity,Shanghai200092,P.R.China)Abstract:ThesedimentsamplescollectedfromthedifferentsitesoftheLakeTaihu,2006wereculturedontraditionalnutrientmedium.603bacteriastrainswereseparatedwith40differentmorphologicalfeatures,andweregroupedinto4clustersand51subclustersatthelevelof0.75withnumericalclassifiedbasedontheunweightedpairgroupmethodwitharithmeticaverages(UPGMA)algorithm.Basedonthepartialsequencesof16SrDNA(540bp)analysis,thebacteriastrainssamplechosenfromeachsubclustersrandomlywererankedintoFirmicutes,Actinobacteriaandγ-Proteobacteriathreegroups,andcloselyrelatedtoBacillus,Paenibacillus,Micrococcus,Arthrobacter,DietziaandPseudomonasgenera.ThedietziagenerawasreportedinthesedimentoffreshwaterlakeinChinaforthefirsttime.Keyword:LakeTaihu;sediment;culturablebacteria;numericaltaxonomy;diversity湖泊沉积物的环境效应是水环境研究的重点之一,所关注的主要问题包括沉积物“源”、“汇”转换的时空变化[1],对污染物的吸附和沉积,以及水-土界面的营养盐、污染物释放通量等[2-3].除温度、pH值、溶解氧(DO)、氧化还原电位(ORP)、水动力等物化因素之外[1,4-5],沉积物和上覆水体组成的二相结构界面间,存在一个复杂的生物相[6].微生物由于本身的特点,在其中占有不可或缺的地位,在湖泊的物质循环和水体自净化能力维持中具有非常重要