工业化废水处理反应器污泥总DNA 提取方法

微生物学通报OCT20,2008,35(10):1659~1663Microbiology©2008byInstituteofMicrobiology,CAStongbao@im.ac.cn基金项目：河北省自然科学基金(No.E2008000694,No.E200700063)*通讯作者：:liuchun02@mails.tsinghua.edu.cn收稿日期：2008-04-03;接受日期：2008-06-11生物实验室工业化废水处理反应器污泥总DNA提取方法张苏刘春*杨景亮郭建博李再兴(河北科技大学环境科学与工程学院石家庄050018)摘要:根据工业化废水处理反应器污泥特性,对常规的溶菌酶-SDS-酚/氯仿环境样品总DNA提取方法进行改进,增强样品预处理,强化细胞裂解,提高杂质去除效率,获得了一种工业化污泥总DNA提取的通用方法,并采用该方法对石家庄若干实际运行的工业化厌氧、好氧反应器的污泥样品进行了总DNA提取研究。结果表明,该方法对所选污泥样品均有效,具有普适性。提取的污泥总DNA杂质含量少,纯度高,A260/A280在1.8左右;提取效率较高,总DNA产率都在0.7mg/g以上,最大产率可达0.85mg/g。所提取的污泥总DNA可以直接作为模板进行PCR反应,PCR产物直接进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),能够得到较好的DGGE谱图,表明该方法提取的污泥总DNA样品可满足后续分析研究的要求。关键词:工业化废水处理反应器,厌氧/好氧污泥,总DNA,提取方法AMethodforTotalDNAExtractionofSludgeSamplesfromFull-scaleWastewaterTreatmentBioreactorsZHANGSuLIUChun*YANGJing-LiangGUOJian-BoLIZai-Xing(SchoolofEnvironmentalScienceandEngineering,HebeiUniversityofScienceandTechnology,Shijiazhuang050018)Abstract:Accordingtothecharacteristicsofsludgesamplesfromfull-scalewastewatertreatmentbioreac-tors,theessentialtotalDNAextractionmethodformostenvironmentalsamples,lysozyme-SDS-phenol/chloroformmethod,wasmodifiedtoimprovesamplepretreatment,intensifycelllysisandenhancetheeffi-ciencyofimpurityremoval.ObtainageneraltotalDNAextractionmethodforindustrialsludgesamples.SuchamethodwasappliedfortotalDNAextractionofsludgesamplesfromseveralrunningfull-scalean-aerobicoraerobicbioreactorsinShijiazhuang,China.Theresultsindicatedthatthemodifiedmethodwassuitableforallthesludgesamplesinthisstudy,showingthesatisfyinggenerality.TheextractedtotalDNAofallsludgesampleswerepure,withabout1.8ofA260/A280ratio.Themethodwasalsoefficient;withaveragetotalDNAyieldofover0.7mg/gandmaximumyieldof0.85mg/g.Moreover,alltheextractedto-talDNAsamplescouldserveastemplatesdirectlytoamplify16SrDNAbyPCR.ThePCRproductscouldbeseparatedwellbydenaturinggradientgelelectrophoresis(DGGE)andtheDGGEbandpatternswereclearenoughtobeusedforfurtheranalysis.AllthesefactsindicatedthatthetotalDNAextractionmethodprovidedinthisstudycouldmeettherequirementsofsludgesam