DGGE技术及其在堆肥微生物群落研究中的应用-王芳

中国畜牧兽医学会动物微生态学分会第四届第九次学术研讨会论文集(上册)(208年河南新乡)可以做系统发育的推断。º核酸测序技术要比OGGE或者SSCP所依赖的电泳系统获得的结果更为可靠。»T一盯LP的毛细管凝胶电泳分析更为快速,而且结果是以数据的形式输出。3.2缺点作为一种技术,.T一RFLP有其自身的缺陷。首先该技术依赖于PCR和限制性酶切技术,当近缘种微生物在扩增片段靠近荧光标记端的切点一样时,该技术无法区分出这些近缘种,所以在峰值图上,一个峰代表的有可能不只是一个种。另外,对每个峰的定量只是建立在PcR技术的基础上,定量的结果也只是一个相对的含量,不可能真正代表该微生物在某一生态系统中的绝对含量。样品中的总DNA的提取和限制性内切酶的选择是影响到分析结果的关键因素对于后者,可以分别用儿种限制酶进行分析,综合几种酶切的结果可以提高检出效率。这种做法要求几种酶在各自的反应体系中分别进行酶切,而不是进行在同一个反应体系的双酶切,原因是双酶切并不一定比单酶切产生更多的T盯,甚至可能比单酶切产生的TRF片段要少,待测片段的长度也会影响结果。这是因为随着片段长度的增加,测序仪检测分辨率降低。测序仪检测50bP以上精度不够。第二,由于序列数据库还没有得到完善,对于一些未知的细菌不能进行直接的检测。尽管还存在一些缺陷,但T-RFLP技术仍是目前最好的微生物群落分析工具之一。随着核酸测序技术的发展,数据库中核酸序列的不断丰富,用分子手段进行微生物群落结构分析已成为传统方法不可缺少的补充,而且必将得到更加广泛的应用。下一RfLP技术也将会在微生物群落结构调查,揭示微生物与环境的关系方面发挥更大作用。参考文献(编者略)DGGE技术及其在堆肥微生物群落研究中的应用王芳’·2,倪学勤2.,曾东2,白林3,马志勇2,翁洋2(1.四川农业大学资源与环境学院,四川推安625014;2.四川农业大学动物医学院,四川稚安625014:3四川农业大学动物科技学院,四川稚安625014)摘要:DGGE技术是目前广泛用于徽生物群落结构研究的重要手段之一,将OGGE技术用于研究堆月盼眼生物群落的变化,将有助于对堆肥机理更为深入的了解,对筛选和添加堆肥菌*,j提供理论依据.关健词:OGGE;堆肥;微生物多样性APPlieationofDenaturingGradientGelEleetrOPhoresisonStudyofMierobe‘’一。f、黯然豁黯然翼黝rr0CCSS‘Li几腼zhi少ong,,wengYangZl奴甘eUniversity,Ya,an,Siehuan62,014,。ina:场l一哪ofAnimalSc咖c,SichuanA幼eultu比University,Ya,an.Sichuan625014,China)Abstract:DenaturingG耐ientGelEleetrOPho比51515awidesPreadmethodofsl”dyingMicrobialcommunitiesstructUre.APlicationofDenaturingGradientGelElectroPhoresisonstodyofehangesofmicrobialeommunitiesineompostingProcess,wouldcontributetodeePunderstslndingofmechanismofcomPosting,胡dsuPPlywiththeoryguidaneeforsievingandinoculatingmieroganisms.心ywords:DGGE:eomposting:microbialdiversity目前,将生活垃圾,工、农业废弃物进行堆肥化处理,是资源有效利用和减少环境污染的重要措施.国内外学者研究表明,在堆肥过程中添加高效的徽生物可以使堆肥物料快速达到高温,控制堆肥过程中夹气的产生,缩短堆肥腐熟进程.因此,开展高效堆肥微生物的筛选,堆肥过程中有效微生物群的种、属的鉴定,微生物种群的比例、种间关系及其变化规律的研究将为堆肥徽生物的添加和运用提供理论基声出和指导.目前用于徽生物生态研究的分子技术有1)GGD叮GGE(变性梯度凝胶电泳服度梯度凝胶电泳)、rRNA/rDNA序列分析、RFLP(限制性内切醉片段长度多态性分析)、RAOP(随机扩增多态性分析)、核酸探针检测技术、sscP(单链构象多态性)等.国内外现在主要利用PCR技术扩增16srRNA基因,或将变性梯度凝胶电泳(OGGE)与PCR扩增技术相结合,来鉴定微生物的种属,用于研究自然菌种堆肥和人工培养驯化菌种堆肥过程中徽生物的中国畜牧兽医学会动物微生态学分会第四届第九次学术研讨会论文集(上册)(208年河南新乡)单一细菌种类165rDNA拷贝之间的异质